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Géré par INRAE, le CIRM est constitué de cinq CRB, tous certifiés ISO 9001. Ces CRB conservent plus de 22 000 souches de bactéries associées aux plantes, bactéries pathogènes, bactéries d'intérêt alimentaire, levures et champignons filamenteux. Le CIRM est un Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) créé en 2004 par INRAE qui met en réseau 5 centres de ressources microbiologiques (CRB) certifiés (bactéries, levures et champignons filamenteux). Il a pour partenaires des établissements d’enseignement supérieurs : L’institut Agro et les universités de Montpellier, Aix-Marseille, Angers et Tours.  Ces CRB conservent plus de 22 000 souches de bactéries associées aux plantes, bactéries pathogènes, bactéries d'intérêt alimentaire, levures et champignons filamenteux. Le CIRM a pour mission de gérer, caractériser et valoriser ses collections microbiennes et de les rendre accessible à la communauté scientifique et aux filières concernées.

CIRM-BIA Rennes : Bactéries d'intérêt alimentaire 

CIRM-BP Tours : Bactéries pathogènes de l'animal et de l'homme 

CIRM-CF Marseille : Champignons filamenteux d'intérêt agro-industriel 

CIRM-CFBP Angers : Bactéries associées aux plantes 

CIRM-levures Montpellier : Levures d'intérêt technologique

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SAMBO est la biobanque de MGP, une unité de recherche INRAE dédiée à la recherche sur le microbiote humain et animal. SAMBO offre des solutions à grande échelle pour le prélèvement, le stockage et la gestion d’échantillons (fèces et ADN) avec une capacité de stockage de 600000 échantillons.

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Le CRB UBOCC préserve des bactéries, des archées, des levures et des moisissures issues d'environnements divers tels que les environnements marins profonds et côtiers (sources hydrothermales, sédiments marins profonds, pathogènes de bivalves) et d’écosystèmes agricoles et agroalimentaires (entreprises agroalimentaires, flore du champs, environnements contaminés par les hydrocarbures ou les plastiques).

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