Le PEPR Agroécologie et numérique est copiloté par INRAE et l’Inria. Annoncé par le gouvernement en novembre 2021, doté de 65 millions d’euros sur 8 ans, il concerne les données, les agroéquipements mais aussi les ressources génétiques au service de la transition agroécologique et de l’adaptation aux aléas climatiques. Trois sujets sont priorisés : les technologies de génération des données pour caractériser les ressources génétiques animales et végétales et les méthodes numériques pour l’exploitation des données en agriculture ; les nouvelles générations d’agroéquipements comme la robotisation ; les trajectoires vers des socioécosystèmes ouverts aux innovations numériques.
Le projet BreIF (Biological Ressources Information Facility) a pour but de mettre en place une e-infrastructure pour accélérer l’utilisation de ressources biologiques diversifiées. Les ressources disponibles sont notamment hébergées par l’infrastructure RARe. Ce projet met en synergie les deux infrastructures nationales :
• L’Institut Français de Bioinformatique (nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR) et sa composante INRAE dénommée BioinfOmics ; IFB est une infrastructure fédérée de calcul et de stockage pour la communauté de recherche.
• Et l’infrastructure RARe pour les ressources biologiques agronomiques associées.
L’intégration de données pour les CRB de RARe est un défi stratégique d’accès aux ressources biologiques qui facilite les échanges automatiques de (méta)données entre les systèmes d’information de RARe et ceux des autres infrasctructures impliquées dans la caractérisation des ressources biologiques (France Génomique, Liph@SAS).

Le projet AgroDiv utilisera et développera des approches de génomique et de génétique de pointe pour caractériser en détails, du gène à l’espèce, le matériel biologique et évaluer sa valeur potentielle. Pour atteindre cet objectif, environ 20 000 et 7500 accessions sélectionnées de plusieurs familles botaniques et espèces animales seront étudiées. Ceci conduira notamment à la construction de pangénomes, au développement et déploiement des méthodes associées, à des outils de fouilles de données intensives et des outils de caractérisation de la diversité génétique et à l’identification massive de variants d’intérêts pour l’agroécologie. Ce projet à vocation à générer des connaissances qui seront distribuées le plus largement possible à la communauté scientifique dans le respect des principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) pour pérenniser ces recherches.
Ces deux projets sont ambitieux contribuent à valoriser les données omiques au service de l’agroécologie mais aussi au-delà, pour la connaissance du vivant.

Contact :

• Michèle Tixier-Boichard
• Anne-Françoise Adam-Blondon