Explorer la diversité génétique : De nouveaux indicateurs proposés pour les cryobanques animales

Cette étude propose un cadre d’analyse reposant sur de nouveaux indicateurs permettant d’évaluer l’utilité des collections cryoconservées dans une optique de soutien à la conservation en i) évaluant son niveau de diversité et sa redondance intrinsèque, et ii) son originalité relativement aux populations en ferme. Pour la première approche, des indices d'équitabilité basés sur ceux de Gini-Simpson ont révélé un nombre déséquilibré de donneurs entre les races pour certaines espèces. De même, les estimations du nombre effectif de donneurs (De) qui en dérivent ont mis en évidence une distribution inégale des donneurs au sein des races. Pour le second point, nous avons développé un nouvel indice d'impact sur la diversité (IDI) pour évaluer le potentiel d'une collection à réintroduire de la diversité génétique dans les populations contemporaines. Lorsqu’il est calculé individuellement, il permet alors d’optimiser le choix des individus à utiliser. Ici, il a été calculé à partir des généalogies de 17 races de trois espèces (porc, mouton et bovin), mais peut aussi s’obtenir à partir de données de génotypages en l’absence de pedigrees.  En général, les collections plus anciennes présentaient les valeurs d'IDI les plus favorables, mais les donneurs récemment collectés pouvaient cependant être utiles pour les populations soumises à une forte sélection. Par rapport aux indicateurs de la FAO motivés par la reconstitution des races, les indices d’équitabilité et le De permettent de planifier l'échantillonnage de manière plus efficace, tandis que l'IDI peut guider la sélection des donneurs afin de gérer la diversité des populations en ferme.

Contact : 
• Alicia Jacques, Michèle Tixier-Boichard, Gwendal Restoux

Référence : 
Assessing the potential of germplasm collections for the management of genetic diversity: the case of the French National Cryobank. Alicia Jacques, Delphine Duclos, Coralie Danchin-Burge, Marie-Jose Mercat, Michèle Tixier-Boichard, Gwendal Restoux. Peer Community Journal, Volume 4 (2024), article no. e13. https://doi.org/10.24072/pcjournal.369